Působení Dobeše na ministerstvu školství provázejí kontroverze

Výběr problémů na ministerstvu školství za vedení Josefa Dobeše (VV), který jej řídí od července 2010:

• V únoru se na ministra snesla kritika poté, co vyšlo najevo, že tehdejší šéfce svého kabinetu Janě Machálkové i dalším manažerům rozdal až stotisícové odměny. Podle některých informací údajně Dobeš za Machálkovou psal také seminární práci, ministr to ale popřel.
• S kritikou se setkalo rovněž pořízení reprezentativních fotografií ministra a jeho náměstků, které přišlo na 70.000 korun. Dobeš tento krok hájil tím, že fotografie jsou využívány médii.
• Koncem února ministr odmítl, že by měl cokoliv společného s údajným špehováním počítačů svých podřízených, o němž informovala Mladá fronta Dnes (MfD).
• Se setrváním ve funkci měl Dobeš namále při vládní krizi. ODS požadovala odchod všech ministrů spojených s bezpečnostní agenturou ABL, v níž Dobeš před příchodem do vlády pracoval jako personální ředitel. Dobeš křeslo nakonec uhájil, premiér Petr Nečas mu ale při té příležitosti vytkl "hlemýždí tempo" reformy vysokých škol.
• Situaci na ministerstvu čeřila kauza úředníka Ladislava Bátory. Bývalý zástupce šéfa Dobešova kabinetu a někdejší kandidát Národní strany byl spojován s urážlivými výroky na adresu předsedy TOP 09 Karla Schwarzenberga. Bátora se funkce vzdal v říjnu, posléze skončil i jako Dobešův poradce. Ministr sdělil, že jeho podřízený pomohl ministerstvu ušetřit 150 milionů korun.
• V listopadu MfD uvedla, že Dobešova diplomová práce z psychologie má takové nedostatky, že neměla být vůbec obhájena. Shodli se na tom oslovení experti, kteří ji na žádost MfD posuzovali. Dobeš si nicméně za kvalitou své práce stojí.
• Ve středu ministerstvo po několika dnech opustil Robert Plaga odpovědný za čerpání miliard korun z EU. Za šéfování Dobeše se jedná již o pátou personální výměnu na této pozici. Podle Radiožurnálu Plaga odmítl podepsat některé problematické projekty.
•     - Ministerstvo informovalo, že audit Evropské komise zjistil chyby v zadávání veřejných zakázek v programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost. Bude mu zřejmě dočasně zastaveno proplácení dotací z EU. Resort je kvůli čerpání prostředků z fondů EU dlouhodobě terčem kritiky, patří také k nejpomaleji čerpajícím institucím.
• Dobeš v poslední době čelí vlně kritiky například i za plošné zavedení testování v 5. a 9. třídách, utlumení odborného portálu pro učitele nebo omezení podpory školních psychologů. Prezident Václav Klaus jej přitom před časem označil za nejlepšího polistopadového ministra školství.